Биологический отдел появился во Дворце 1985 году сначала как биологический кружок с одним педагогом и развивался преимущественно в зоологическом направлении. В 1999 году в связи с переездом в отдельное здание и расширением материально-технической базы был преобразован в эколого-биологический центр «Биотоп». Отдел стал не только структурным подразделением Дворца детского творчества, но и с 2016 года городским ресурсным центром по вопросам экологического воспитания. В связи с этим изменилась структура и назначение отдела, увеличилось количество педагогов и направлений деятельности. В настоящий момент отдел располагается во втором корпусе ДДТ и располагает учебным классом и зооуголком, состоящим из вольерного и террариумного помещений и кухни. В учебном классе расположилась коллекция комнатных растений, макетов и чучел животных, здесь проходит теоретическая часть занятий. Практическая часть проходит в зооуголке, где содержится более 90 видов животных: насекомые, земноводные, пресмыкающиеся, рыбы, птицы и млекопитающие.

      Занятия проводятся для учащихся 5 - 17 лет.

      В настоящее время в биологическом отделе работает 8 учебных объединений, три из которых проводят свои занятия на базе детских садов и школ.
      Занятия в объединениях отдела способствуют расширению кругозора ребенка, познанию флоры и фауны родного края, формированию исследовательских навыков, развивают внимательность и наблюдательность, обучают основам исследовательской деятельности, умению оформить и представить свою работу на конференциях, воспитывают ответственное и бережное отношение к природе.

      Для учащихся отдел организует посещение краеведческих музеев, парков и природных заповедников Санкт-Петербурга, экспедиции по уникальным природным местам Ленинградской, Псковской, Новгородской и др. областей.

      Биологический отдел проводит на своей базе различные конкурсы и мероприятия эколого-биологической направленности для учащихся ДДТ и школ Петроградского района, а также участвует в организации многих экологических проектов города. Среди них конкурс «Листопадничек», конференция «Балтийский берег вчера, сегодня, завтра», праздник «С днем рождения, Нева!», фестиваль «Императорские сады», «Оберег Невы» и многие другие.